В статье рассмотрены управленческие системы принятия решения по выбору оптимального метода утилизации попутного нефтяного газа (ПНГ), сформированные в виде отдельного бизнес-процесса, включающего процедуры ведения проектов по утилизации попутного нефтяного газа, оценки их совместимости со стратегическими ориентирами нефтегазового предприятия, учета динамики изменения внешних факторов, влияющих на реализацию проектов. Представлен адаптированный алгоритм управления проектами по утилизации, включающий различные блоки анализа, определяющий целевые категории проектов, приоритетные стратегии в данной области, с использованием широкого спектра оценок: системы перекрестной экономической оценки, системы экспертных оценок, основанной на принципах анализа иерархий, объединенных аналитическим интегратором EcoExploration. Произведено обоснование необходимости раздельного ведения денежных потоков и управления проектами по извлечению целевого сырья и проектами утилизации ПНГ для своевременного выявления необходимости корректировки метода утилизации. Рассмотрены внутренние и внешние виды мотивации при реализации подобных проектов, а также методы достижения максимальной эффективности проектов утилизации ПНГ, выявлены финансовые стратегии компаний в этой области, при следовании которым стандартные технико-экономические показатели могут иметь различное истолкование.