Решение проблем становления национальной и региональных инновационных систем является основополагающим фактором социально-экономического развития России. Активизация инновационной деятельности в государственном масштабе и на региональном уровне определяется заданными условиями для инновационной деятельности, стимулирования внедрения инноваций в производство, формирования надежной системы коммерциализации изобретений. Однако сырьевая направленность национальной экономики и, как следствие, неразвитость институциональной среды  часто являются  тормозом инновационных инициатив.В статье рассматриваются отдельные аспекты построения целостной инновационной системы с учетом комплексного  решения целого ряда вопросов. Ключевыми аспектами в системе стимулирования инновационной деятельности являются тесное взаимодействие федеральных и региональных властей, осуществление надежной поддержки со стороны государства региональных инициатив. Однако без заинтересованности региональных органов власти в организации четко структурированного инновационного процесса на местах не будет положительных сдвигов в данном направлении. Использование новых моделей управления, раскрытие внутренних резервов, реализация возможностей, качественное организационное обеспечение инновационно-инвестиционной политики способствуют широкому охвату хозяйствующих субъектов инновационной деятельностью, повышению соактивности малого, среднего и крупного бизнеса в разработке новых идей и освоении научно-технологических нововведений в регионе.